Jan Voglers bemerkenswerte Karriere hat ihn mit namhaften Dirigenten und international renommierten Orchestern wie dem New York Philharmonic, Gewandhausorchester Leipzig, Deutschen Symphonie-Orchester Berlin und London Philharmonic Orchestra zusammengebracht. Sein großes Können ließ ihn die Klanggrenzen des Cellos ausloten und einen intensiven Dialog mit zeitgenössischen Komponisten und Künstlern aufbauen. Dazu gehören regelmäßige Uraufführungen, u.a. von Tigran Mansurian (mit dem WDR-Sinfonieorchester unter Semyon Bychkov), John Harbison (mit Mira Wang und dem Boston Symphony Orchestra), Udo Zimmermann (Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks), Wolfgang Rihm (Doppelkonzert mit Mira Wang) und das ihm selbst gewidmete Cellokonzert „Dunkle Saiten“ von Jörg Widmann. Die New York Times bewunderte das „lyrische Gespür“ seines Cellospiels, das Gramophone Magazin lobt seine „schwindelerregende Virtuosität“, und die Frankfurter Allgemeine Zeitung attestiert ihm die Gabe, „sein Cello wie eine Singstimme sprechen lassen zu können“.
Seit 2008 leitet Jan Vogler die renommierten Dresdner Musikfestspiele und ist zudem seit 2001 Künstlerischer Leiter des Moritzburg Festivals, das 2017 sein 25-jähriges Jubiläum feierte und eine der ersten Adressen für Kammermusik weltweit ist.
Highlights der Saison 2017/18 sind Jan Voglers Konzerte mit dem Royal Scottish National Orchestra als dessen Artist-in-Residence sowie Gastspiele beim London Philharmonic Orchestra unter Vladimir Jurowski, der Philharmonia Zürich und dem Orchestra del Maggio Musicale Fiorentino, beide unter Fabio Luisi, und dem Toronto Symphony Orchestra unter Peter Oundjian. Wiedereinladungen führen ihn u.a. zum Singapore Symphony Orchestra sowie dem Deutschen Symphonie-Orchester Berlin unter der Leitung von Manfred Honeck mit der Uraufführung des Cellokonzerts in der Fassung für großes Orchester von Dai Fujikura. Außerdem ist er in Rezitalen mit Hélène Grimaud, Lise de la Salle und Martin Stadtfeld zu hören.
Neben der klassischen Konzerttätigkeit als Solist widmet sich Jan Vogler in der Saison 2017/18 mit dem Schauspieler Bill Murray intensiv ihrem gemeinsamen musikalisch-literarischen Projekt „Bill Murray, Jan Vogler & Friends – New Worlds“. Das innovative Programm erregt weltweite Aufmerksamkeit und bringt Werke von Twain, Hemingway, Whitman, Cooper, Bernstein, Bach, Piazzolla, Mancini, Gershwin und Foster für eine unerwartete und zauberhafte Erkundung der Berührungspunkte von Literatur und Musik zusammen. Die CD erschien Ende September 2017 bei Decca Gold. „Bill Murray, Jan Vogler & Friends“ stellten ihr Programm erstmalig anlässlich der Dresdner Musikfestspiele im Juni 2017 in Dresden vor und führen es auf ausgedehnte weltweite Tourneen.
Zu den bisherigen Höhepunkten von Jan Voglers Tätigkeit als Solist zählen die Auftritte mit dem New York Philharmonic, sowohl in New York als auch im Rahmen der Wiedereröffnung der Dresdner Frauenkirche im November 2005 unter Lorin Maazel. Er konzertierte mit Orchestern wie den Chicago, Boston, Pittsburgh und Montreal Symphony Orchestras, dem Mariinsky Orchestra, der Sächsischen Staatskapelle, den Wiener Symphonikern, den Münchner Philharmonikern und The Knights.
Seit 2003 arbeitet Jan Vogler erfolgreich mit dem Label Sony Classical zusammen und im Laufe dieser Kooperation sind bisher rund 20 CDs entstanden. Zuletzt erschien seine Einspielung von Schumanns Cellokonzert mit dem Dresdner Festspielorchester unter Ivor Bolton (Oktober 2016). Die Produktionen davor umfassen die im März 2016 veröffentlichte CD mit Tschaikowskis Rokoko-Variationen, gemeinsam mit dem hr-Sinfonieorchester unter Andrés Orozco-Estrada und dem Moritzburg Festival Ensemble, „Concerti di Venezia“ mit venezianischen Cellokonzerten des 18. Jahrhunderts von Vivaldi, Caldara, Porpora u.a., gemeinsam mit dem La Folia Barockorchester, die Schumann-Kammermusik-CD „Dichterliebe“ mit u.a. Hélène Grimaud, sowie seine Einspielung der sechs Suiten für Cello solo von J. S. Bach, für die er mit dem ECHO Klassik 2014 in der Kategorie „Instrumentalist des Jahres (Cello)“ ausgezeichnet wurde. Zudem erwähnenswert sind seine CDs „My Tunes“ 1 und 2, für die Jan Vogler kurze Charakterstücke eingespielt hat, sowie die preisgekrönte Aufnahme des Cellokonzerts von Dvořák mit dem New York Philharmonic unter David Robertson (Pizzicato Supersonic Award, Diapason d’Or Janvier, Choc – Le Monde de la Musique Mars).
2006 erhielt Jan Vogler den Europäischen Kulturpreis und 2011 den Erich-Kästner-Preis für Toleranz, Humanität und Völkerverständigung.
Jan Vogler spielt das Stradivari-Cello „Castelbarco/Fau“ von 1707.